Probabilmente fondato nel corso del X secolo, noto semplicemente come Villa, fu concesso parzialmente in feudo ai vescovi di Tortona da Papa Adriano IV. Nel 1413 Filippo Maria Visconti lo concesse in feudo a Guglielmo d'Alvernia. La famiglia Alvernia detenne il potere in paese per ben 167 anni, legando il proprio nome a quello del borgo. Nel 1580, il feudo passa agli Spinola, in seguito al matrimonio di Francesco con Antonia Alvernia. Nel 1652 i feudatari di Villalvernia ottennero il titolo marchionale dal re di Spagna Filippo IV Nel 1688 fu venduto dalla Regia Camera di Milano al maestro di campo Pietro Luigi Passalacqua. Il 1 dicembre 1944, fu oggetto di un pesante bombardamento da parte delle forze aeree americane, volto a colpire gli uffici ferroviari qui trasferiti da Genova. Morirono 114 civili e 235 restarono feriti.