Le origini di Germagnano sono chiaramente romane come indica lo stesso toponimo. Questo deriva dal nome gentilizio romano GERMANIUS, donde un "fundus GERMANJANUS" e quindi GERMANIANO.

L'aggregato romano sorgeva sulla strada che da Chivasso, raggiunto il territorio di Volpiano, proseguiva verso i fondi ed i vici di Leyni, San Maurizio,Ciriè, Mathi, Germagnano, all'imbocco delle Valli di Lanzo. Tale strada,superato il ponte romano sulla Stura a Germagnano, proseguiva per la conca di Viù, Col San Giovanni, Valle di Susa, oppure per Viù, Usseglio, Colle d'Autaret e raggiungeva la Savoia.

La posizione di Germagnano presso il ponte romano sulla Stura, transito obbligato per le Valli di Lanzo ed i valichi alpini dell'Autaret e di Arnas, potrebbe far pensare ad una mansio dove si fermavano i viaggiatori prima di addentrarsi nelle Valli ed ascendere i monti.



È del 1034 il primo documento attestante l'esistenza della comunità di Germagnao in cui, il 4 luglio, Rodolfo, abate di Nonantola, stipula con i Conti Guido e Adalberto e il Chierico Riprando, fratelli fu Uberto, e coi loro nipoti impuberi Guido ed Ottone, una permuta per la quale costoro cedono molte terre subalpine e fra queste la nostra, ricevendone in cambio altri beni nel modenese.

La sua esistenza è confermata da successive bolle imperiali e papali.



Nel 1120, la chiesa di S. Stefano (costruita prima dell'anno 1000 e distrutta nel 1946 da una piena dello Stura) con tutte le sue pertinenze, è in possesso del Monastero di S. Solutore (uno dei più importanti del Nord Italia), al quale è stato donato dai Vescovi di Torino.

Nel 1260 il territorio comunale, insieme alle Valli di Lanzo, passa a Guglielmo VII di Monferrato e nel 1305 cade definitivamente in mano ai Savoia.

È del 1270 il primo documento che testimonia l'esistenza di Germagnano come Comune autonomo con propri Consoli. Il territorio era amministrato insieme alla comunità confinante di Traves e tale gestione durò fino al 1622.

Nel XVI secolo il territorio è riserva di caccia ducale per cui i Duchi sabaudi Emanuele Filiberto e Carlo Emanuele I.

Nel 1577, insieme a tutto il Marchesato di Lanzo, passa a Filippo d'Este.

Nel 1622 uno spaventoso incendio distrugge buona parte del Capoluogo e Carlo Emanuele I esonera gli abitanti per sei anni dal pagamento di ogni tassa, cosa che si ripeterà per 10 anni dal 1640 in seguito a gravi inondazioni.

Nel 1725, smembrato il Marchesato di Lanzo, Germagnano è concesso in feudo comitale a Luigi Ignazio di Faussone, Governatore del forte di Bard.

Nel 1765 la chiesa di S. Pietro in Vincoli, edificata nel XV secolo e poi intitolata ai SS. Grato e Rocco, viene eretta a parrocchiale staccandosi dalla omonima di Lanzo T.se.

Nel 1791 si costruisce il ponte a tre arcate in pietra sullo Stura ponendo fine ad una lotta secolare con le piene del fiume per la transitabilità del guado.

Nel 1870 viene edificata la Cartiera Vecco-Valvassori (poi Valvassori Franco, poi Burgo, ora facente parte del Gruppo Spinoglio) che lavorò anche per la Zecca di Stato e che fino ad oggi ha dato lavoro a centinaia di persone.

Nel 1898 si costruisce l'impianto idroelettrico di Funghera (una Frazione) che è pertanto una delle prime centrali costruite nel mondo. Nel 1916 vi arriva la ferrovia Torino - Ciriè - Lanzo - Ceres, una delle prime elettrificate, perché collegava il Palazzo Reale di Torino con la Reggia suburbana della Venaria.

Durante la Resistenza al Nazi-fascismo, Germagnano ebbe un ruolo di primo piano essendo punto nevralgico delle Valli; ed ebbe anche i suoi martiri: Miglietti Celso (medaglia d'argento al valor militare), Miglietti Roberto e Vottero Prina Domenico.



In anni recenti il territorio comunale è stato afflitto da ripetute alluvioni: nel 1993, nel 1994 e nel 2000. In particolare quest'ultima ha colpito gravemente il cimitero asportandone circa un terzo.